Na de ijstijd begint een strijd om de macht tussen de verschillende diersoorten.

Zo'n zestig miljoen jaar geleden eindigde een grote ijstijd en begon de massale opwarming waardoor er ongewild een titanische strijd om de heerschappij begon tussen de verschillende diersoorten.

In Dominant Species: Marine neemt iedere speler de rol aan van een van de vier grote dierenklassen in het water: reptielen, vissen, koppotigen of schaaldieren. Je begint het spel min of meer in een staat van natuurlijk evenwicht ten opzichte van elkaar. Maar dat is maar van korte duur. Daarna is het 'survival of the fittest'.

Door je actiepion slim te zetten, probeer je te gedijen in zoveel mogelijk verschillende habitats om zo krachtige kaarteffecten te claimen. Je probeert door strategische acties je soort te vermeerderen om overwinningspunten te verdienen.

Uiteindelijk leidt dit tot het eindspel - de laatste beklimming van een uitgestrekte tropische oceaan en zijn kustlijnen - en wordt de diersoort van de speler met de meeste overwinningspunten gekroond tot Dominant Species.